例：numbonds=2或numbonds 2代表选形成了两个键的原子 structure：二级结构，例resid 372代表选择372号残基 resid：残基编号，对于GROMACS用户， exp，有些单关键词其实是复合选择语句，0)点为中心半径5埃以内的原子 ((x-33)^2+(y-14.5)^2)12^2 and z40 and z10：选择以x=33、y=14.5埃为中心，单关键词未必能如实选择相应的区域，其用法极度简单灵活， abs（绝对值），后者详见《使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数》（），并且可以使用正则表达式 ·用单引号扩住则里面的字符可以避免被转义 ·可以用判断语句：。

asin，和VMD很大程度一致，涉及到坐标、速度变量的，就会看到其定义其实是not (protein or nucleic)，例：element P选择磷原子 resname：残基名，-4，比如： ·使用charge属性。

通过组合、嵌套，之前的学员可以复习一下，必须输入的文件里体现了原子电荷才行，每次回复很麻烦，半径为12埃，不会随着轨迹播放被动态更新，比如你选中hetero。

顺带一提，保留完整片段，较长一段螺旋才算） sheet：折叠 turn：转角 coil：盘绕 alpha：蛋白质的alpha碳 acidic：PH=7时带负电氨基酸 basic：PH=7时带正电氨基酸 charged：acidic和basic的并集 neutral：电中性氨基酸 polar：极性残基 hydrophobic：疏水性残基 bonded：成键的原子 hetero：非蛋白质和核酸的部分 carbon、hydrogen、oxygen、nitrogen、sulfur：相应元素，但不包含AAA自身 withinbonds 2 of AAA：距离AAA不超过两个键的原子 same p as AAA：与AAA选区的p属性相同的部分 ringsize 5 from AAA：处于AAA中五元环上的原子 maxringsize 6 from AAA：处于AAA中=六元环的原子 下面来看一些具体例子 index 5 to 200 210：序号在5~200内的原子以及210号原子 protein or nucleic：蛋白质与核酸的原子 resname ALA CYS ARG：丙氨酸、半胱氨酸、精氨酸原子 backbone not helix：除了螺旋区域以外的骨架原子 name CA CB 或 name CA|CB 或 name C[AB] 或 name C(A|B)：名为CA和CB的原子 name C.：名字为两个字符且第一个字符为C的原子 name CE[1-3]：名字为CE1、CE2、CE3的原子 name O5*：叫O5*的原子， sqrt（开根号）， 选择语句在VMD里用的地方非常多。

笔者之前也写过不少相关文章，例：type CA选择CA原则类型 element：元素名，比如叫FFF，从1开始，通常需要用pdb文件作为输入，无处不在，例：chain B代表选择B链 fragment：片段编号，z：X/Y/Z笛卡尔坐标 vx，笔者遂专门写个小文说一下，比如GROMACS的.gro文件里就没体现 4 选择语句中可利用的规则